Hace parte de la cuarta generación, junto con su hermano gemelo José Arcadio Segundo. Es hijo de Arcadio y Santa Sofía de la Piedad, nieto de Pilar Ternera y bisnieto de Úrsula Iguarán.
Con su hermano siempre juega a la suplantación hasta el punto de sospecharse que han terminado intercambiando sus nombres, hecho que se recompone cuando mueren y reciben en sus tumbas las lápidas con los apelativos correctos.
Así, José Arcadio Segundo muestra, como si fuera un Aureliano, un talante hermético y silencioso, con tendencia a la soledad y la tristeza, y no el comportamiento alegre y parrandero de los José Arcadios. Fue iniciado sexualmente, como su hermano, por Petra Cotes, igual que Pilar Ternera lo hizo con José Arcadio y Aureliano (segunda generación).
Colabora en los rituales de la misa, se entrega a la zoofilia, fabrica un barco en el que trae a las matronas francesas y presencia la masacre de más de tres mil trabajadores en la huelga bananera.
