El escenario no podía ser más propicio. En el populoso y tradicional barrio San Roque, bajo la influencia del Colegio de los hermanos Salesianos, se creó el equipo de fútbol Juventus que luego pasaría a llamarse Juventud.
Debajo de un palo de matarratón, a las 3 de la tarde de un 7 de agosto de 1924 en la calle 30 con carrera 90, un grupo de aficionados, así como los integrantes menores de Juventud, se reunieron bajo el liderato de Micaela Lavalle de Mejía para conformar una nueva organización que se autoproclamó Juventud Infantil. Víctor Bovea, Héctor Donado, Leovigildo Rolong, Juan Mejía, Manuel Vásquez, Víctor Núñez, Alberto de las Salas, Vicente Cervera, Rosendo Barrios, Armando Moya, Aurelio Roa, Valerio Molinares, Agustín Consuegra, Simeón Manjarrés, Enrique Lamadrid, Pedro Yépez, Néstor García, Francisco Ibáñez y Nicolás Pineda conformaron el primer titular de lo que hoy es Junior de Barranquilla. El jugador Víctor Bovea fue designado como el primer presidente.
El ‘equipo padre’, el Juventud, tenía la camisa blanca y eran llamados los Leopardos. Juventud Junior optó por una vestimenta blanca con una J en el pecho, que luego se transformaría en una banda cruzada roja, en virtud de que dos equipos no podían utilizar los mismos colores.
En 1926 ingresa a la Liga de Fútbol del Atlántico, en la tercera categoría, ganando el ascenso a la segunda categoría en 1927. En 1929, después de 2 años en la segunda categoría, asciende a la primera cambiando su nombre por el de Juventud Junior.
Siete años después, en 1936, se empezó a conocer como Junior teniendo en su equipo a jugadores como Roberto Meléndez, el primer jugador colombiano que juega en el exterior, y Romelio Martínez.
En los años de 1945 y 1949, el equipo prestó su base para la participación de Colombia en el fútbol internacional, en donde varios jugadores pudieron participar de los campeonatos suramericanos celebrados en Santiago de Chile, Guayaquil y Río de Janeiro.
Esa determinación de las directivas del cuadro local, dio motivo para que la División Mayor del Fútbol Colombiano expulsara al Junior por dos años.
El incidente dio origen a una nueva era del fútbol en Colombia que se conoció como la época ‘El Dorado’, en la cual Junior logró incorporar a grandes jugadores de toda América, sobre todo de Brasil. Entre ellos, el famoso Heleno de Freitas y Elba Padua De Lima ‘Tim’.
Efraín Sánchez ocupó el arco del Junior en el primer torneo profesional.
Sin embargo, con todo el potencial del juego brasilero, Junior no pudo llegar a los puestos de privilegio y en el año 1950 ocupó la octava casilla dentro del Torneo de ese año, en el que Deportes Caldas fue campeón.
La crisis continuó hasta el 1953 cuando se vio obligado a retirarse del profesionalismo. Regresó en el 1966.
Junior contrata en 1967 a tres figuras míticas: Garrincha, Dida y Quarentinha. Dos años más tarde se une al plantel el único jugador que ha marcado un gol olímpico en los mundiales, Marcos Coll (Mundial de Chile 62).
Siete títulos ha cosechado el cuadro rojiblanco (1977, 1980, 1993, 1995, 2004, 2010, 2011) siendo el el quinto equipo más ganador del país. Su nómina ha contado con míticos futbolistas extranjeros como Víctor Ephanor, Juan Ramón Verón, Julio César Uribe, entre otros.
También ha sido semillero de figuras locales como Jesús Toto Rubio, Dulio Miranda, Gabriel Berdugo, Alexis Mendoza, Víctor Pacheco, Carlos y Didí Valderrama y tantos que, además de contribuir con el cuadro rojiblanco, lo han hecho con la Selección Colombia y el fútbol internacional.