Mientras Barranquilla centraba todas sus miradas en los Juegos Centroamericanos y del Caribe, Junior comenzaba su historia en la Copa Sudamericana 2018, a la que clasificó gracias a ser uno de los mejores terceros de la Copa Libertadores de América. El conjunto rojiblanco debutó el 17 de julio enfrentando a Lanús, en Argentina, en la segunda fase del certamen continental. Pocos eran los que creían en el Junior de Comesaña porque no tenía refuerzos rimbombantes y muchos lo daban por eliminado ante Lanús.
La historia fue otra. Junior comenzó con pie izquierdo, cayó 1-0, pero en casa igualó la serie y en penales logró avanzar a octavos de finales. En esta fase, los Tiburones se midieron ante otro argentino, Colón de Santa Fe. Junior volvió a ser más fuerte que su rival, ganó en casa y luego arañó un empate en su visita a Santa Fe.
En cuartos de final, la hinchada comenzó a ilusionarse y a soñar con llegar a la final y así luchar por el título. Defensa y Justicia, otro argentino, se cruzó en el camino. Junior pegó primero, sacó una diferencia de dos goles, pero en la vuelta sufrió y por poco le dice adiós a la Sudamericana. Perdía 3-0, pero un gol de Luis Díaz lo metió en semifinales.
Santa Fe fue el rival de los rojiblancos antes de la lucha por el título. Junior sacó su casta en Bogotá y venció 2-0 a los cardenales, en casa volvió a ganar y así logró el anhelado tiquete a la final.
La lucha por el título fue ante Atlético Paranaense, con el que igualó los dos partidos 1-1 y perdió el trofeo en la tanda de penales 4-3.
