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El año 2000 fue fundamental para el Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina. Dos sucesos marcarían un nuevo inicio para su preservación: la Política Nacional Ambiental para el Desarrollo Sostenible de los Espacios Oceánicos y Zonas Costeras e Insulares de Colombia (PNAOCI) con su Conpes 3164 y la declaratoria de la Reserva de Biósfera Seaflower por parte de la Unesco.

La Reserva de Biósfera Seaflower, incluye todo el archipiélago. En sus límites está ubicado el AMP Seaflower, compuesto por tres secciones: la situada al Norte y de mayor extensión con 37.522 km2 compuesta por los atolones de Quitasueño, Serrana, Rocador, además de una serie de bancos profundos que no alcanzan a emerger; esta la central de unos 12.715 km2 que encierra el atolón de Old Providence y Santa Catalina y el Julio Bank; la tercera sección es la sur con una extención de 14.780 km2 que integra los atolones de San Andrés, East-South-East o Alburquerque, entre otros bancos como Far, Martínez y Meridiano 82.

Dentro del Plan de Desarrollo de San Andrés, 'Los que soñamos somos más', se hace una fuerte apuesta por la recuperación de las playas que se han perdido en la erosión, según un diagnóstico en el que se basan 'las playas de San Andrés presentan una longitud de 8,1 km, de los cuales el 58% presenta erosión y el 20% presenta obras de protección. (…) Dentro de las amenazas que se presentan en las playas de la isla, se tiene la pérdida de vegetación debido a tala directa y a la presencia de animales domésticos, la construcción de infraestructura, la contaminación por vertimiento de residuos líquidos y sólidos, así como la ausencia de accesos y privatización de usos'. Con un programa llamado 'MARES, COSTAS Y PLAYAS + CONSERVADAS', se busca asegurar el aprovechamiento y conservación de los recursos naturales.

La entidad encargada de administrar el medio ambiente y los recursos naturales renovables y asegurar el desarrollo sostenible del Archipiélago es la Corporación para el Desarrollo Sostenible del Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina (Coralina), que fue creada por el artículo 37 de la ley 99 de 1993.

Dentro del Plan de Acción Trienal (PAT), Coralina tiene como fin primordial conservar la biodiversidad y asegurar el uso sostenible de los recursos costeros y marinos, a la vez que se hace una distribución de estos beneficios equitativamente en la comunidad. Pero señalan que 'a pesar de los múltiples estrategias y campañas de conservación, la persistencia en el deterioro de la calidad de las aguas, la sobre-pesca, la continua reducción en abundancia de especies de fauna y flora, la introducción e invasión de especies exóticas, las continuas afectaciones en los recursos naturales marinos y terrestres y el cambio en el uso de los suelos en áreas de gran importancia ecológica están evidenciando un deterioro de los ecosistemas estratégicos en este Archipiélago'.

Los macroproyectos que se ejecutarán en el periodio 2016-2019 serán diez: Sostenibilidad de la Biodiversidad y de Servicios Ecosistémicos en la Reserva de Biosfera Seaflower; Gestión Integral del Recurso Hídrico en la Reserva de Biosfera Seaflower; Calidad Ambiental en la Reserva de Biosfera Seaflower; Áreas Protegidas en la Reserva de Biosfera Seaflower; Barrios y Sectores Adaptados al Cambio Climático; Alternativas Sostenibles de Vida; Buenas Prácticas de Producción y Consumo Sostenible; Observatorio para el Desarrollo Sostenible de la Reserva de Biosfera Seaflower; Fortalecimiento Institucional del Administrador de la Reserva de Biosfera Seaflower, CORALINA; y Participación Social, Educación y Civilidad Ambiental de la Reserva de Biosfera Seaflower. Con ellos se busca posicionar a la reserva como modelo de desarrollo sostenible en las islas, para mejorar el medio ambiente y mejorar la calidad de vida de los habitantes.

La amenaza con la construcción del Canal de Nicaragua

Durante la celebración del Foro Económico Internacional de las Américas, que se realizó en Montreal – Canadá en junio de 2016, el General Álvaro Baltodano, delegado presidencial de inversiones del Gobierno, presentó el proyecto del Gran Canal Interoceánico.

Si este proyecto se llevara a cabo, la reserva Seaflower se vería gravemente afectada, según consta en una petición que ha hecho Colombia ante la Corte Interamericana para frenar el proyecto. La construcción de este tipo de obras, según se ha comprobado, aumenta los sedimentos y la contaminación, teniendo un efecto dominó sobre las especies marinas, pues genera asfixia en los corales, lechos de algas y manglares, y a su vez provoca la muerte de miles de peces y un deterioro en la vegetación marina.

Si bien este tipo de proyectos vuelven navegables las aguas, no permite la vida dentro de ellas, afectando en igual medida a la población que base su economía en el aprovechamiento del mar. Por un lado la pesca disminuiría, los ecosistemas se harían más frágiles y eso se vería reflejado en la disminución de su capacidad para resistir los embates del clima, en un momento en que fenómenos como el del Niño y la Niña producen grandes daños. Sin un mar saludable se consiguen zonas costeras vulnerables, que podrían ver afectadas con mayor facilidad a inundaciones o sequías.